【税務相談】税務調査で指摘された源泉徴収もれを会社負担とした時の処理

税務調査において、源泉徴収もれを指摘されることは少なくありません。その場合には、税務調査終了時に源泉徴収もれとなっていた源泉徴収税額を納付することになります。その納付した源泉徴収税額を相手先から回収できれば良いのですが、なかなかそうもいかないケースもあるかと思います。

今回は、源泉徴収もれと認定された源泉徴収税額の処理について考えていきます。

 

 

質問【源泉徴収もれの会社負担】

 

 

ご質問への回答

原則的には源泉徴収もれとなっていた源泉徴収税額については、支払先や従業員から徴収又は請求することになります。

一方、徴収することが難しい場合には、その納付した源泉徴収税額の金額を費用として計上（損金経理）することで、その基礎となった取引の追加払いとして取り扱われることになります。

 

解説

 

源泉徴収もれとなっていた源泉所得税を取引の相手先から徴収する

源泉徴収もれとなっていた源泉徴収税額を、次回以降の支払額から天引きして徴収する、または相手先に請求することができれば、貴社の負担なしで処理をすることができます。

ただし、相手に源泉徴収制度や今回の税務調査の経緯を説明し、理解していただくことが必要になります。

 

源泉徴収もれとなっていた源泉所得税を会社で負担する

単発の取引であったり、自社に落ち度があったため、相手先から回収することが難しいケースも多いと思います。

その場合には、自社において源泉徴収もれによる源泉所得税の納付額を損金経理することにより、その基礎となった取引の追加払いとすることができる旨が通達上で認められています。

例えば、源泉徴収の対象となっていた取引が、外注費であった場合には、源泉徴収もれとなっていた源泉所得税の額を損金経理することで、外注費の追加払いとすることができます。その他、給与であった場合には給与の追加払いとなります。

 

ただし、以下の留意点があります。

〇会社が納付した源泉所得税について相手先に求償しないこととした場合、その求償しないこととした時に、相手先に対して追加払いがあったものとして取り扱われます。貴社において追加払いとすることで、相手先の収入が増えることになるため、相手先側においても収入金額等への反映を検討する必要があります。

〇追加払いをすることによって増額した報酬に、更に源泉徴収が必要となります。

会社が負担した源泉所得税相当額は、税引手取額として追加払いしたものとされるため、いわゆるグロスアップ計算を行う必要があります。

例えば、源泉徴収もれが発覚し会社が負担した税額が10,000円であった場合には、その金額を手取り額として支払ったものとして、次のように計算します。結果として、1,137円の源泉所得税の追加納付が必要ということになります。

 

 

 

このように、源泉徴収もれとなった税額を会社負担とする場合には、会社が納付した金額を単に費用処理するだけではなく、追加払いに係る源泉所得税の計算や、相手先側の税務処理についても確認する必要があります。

（金額が多額である等の理由により、影響が大きい場合には、相手先にも税務上の取扱いを説明した上で処理することが望ましいと考えられます。）

 

【参考通達】

〇所得税法基本通達 221-1（支払者が税額を負担する場合の税額計算）
法第221条の規定により同条に規定する者から源泉徴収に係る所得税を徴収する場合において、その者がその徴収すべき税額を徴収していなかったときは、同条の規定により徴収すべき税額は、次により計算することとなることに留意する。

(1)　当該税額を徴収していなかった理由が、当該徴収すべき税額を支払者が負担する契約となっていたことによるものである場合には、取引手取額により支払金額が定められていたものとして、181～223共－4により計算する。

(2)　当該税額を徴収していなかった理由が、(1)の理由以外のものである場合には、既に支払った金額のうちから当該税額を徴収すべきであったものとし、既に支払った金額を基準として計算する。この場合において、その計算した税額を納付した支払者が、その納付した税額につき法第222条《不徴収税額の支払金額からの控除及び支払請求等》に規定する控除又は請求をしないこととしたときは、当該控除又は請求をしないこととした時においてその納付した税額に相当する金額を税引き手取額により支払ったものとし、その支払ったものとされる金額に対する税額を181～223共－4により計算する。

〇法人税法基本通達 9-5-3 (強制徴収等に係る源泉所得税)
法人がその支払う配当、給料等について源泉徴収に係る所得税を納付しなかったことにより、所得税法第221条《源泉徴収に係る所得税の徴収》の規定により所得税を徴収された場合において、その徴収された所得税を租税公課等として損金経理をしたときは、その徴収の基礎となった配当、給料等の区分に応じてその追加支払がされたものとする。
法人がその配当、給料等について所得税を源泉徴収しないでその所得税を納付した場合におけるその納付した所得税についても、同様とする。

(注)　法人がその徴収され又は納付した所得税を仮払金等として経理し求償することとしている場合には、その経理を認める。

 

※本記事は、一般的な税務上の取扱いについて解説したものであり、個別の事案に対する税務上の判断や処理を保証するものではありません。実際の取扱いは、取引内容や事実関係、適用される法令・通達等により異なる場合がありますので、具体的な判断に当たっては、税理士または所轄の税務署等にご確認ください。なお、本記事の内容は公開日時点の法令・制度等に基づいています。